反渗透纯净水生产线运行一段时间后，储水箱、膜元件等的表面会沉积一些污垢或细菌。因此，设备运行一段时间后，要注意对易沉积细菌污垢的地方进行重复冲洗，冲洗用水不能使用高酸碱度的清洗液，防止对反渗透膜或金属部位造成腐蚀。
长时间停用时要将设备中蓄水排空，保证水不断流动才能生产出新鲜纯净水。因此，在反渗透纯净水设备长期停用时，要尽快将蓄水箱中存水排尽，防止蓄水变质、细菌滋生等情况出现。在设备恢复使用时，也要对其进行反复清洗，保证设备干净清洁。建议对设备进行杀菌处理，向设备中注入杀菌液，浸泡一段时间后再反复冲洗，然后就可以恢复使用。在这一过程中，要避免杀菌液残留在设备内。
反渗透膜是整套设备中最主要的水处理配件耗材，膜清洗是整个设备清洗过程的关键，只有保证反渗透膜安全卫生，才能保证反渗透膜对原水产生过滤效果而不是污染水源。在使用过程中，仅仅对反渗透膜进行冲洗远远不够，因为简单清洗只能将膜表面截留的大颗粒物质去除，而不能将那些有害物质清洗掉，因此需要杀菌液、化学清洗剂等专用药剂来对反渗透膜进行清洗。由于化学药剂会对设备造成一定伤害，不建议经常使用。
